Ο Σύνδεσμος διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από ανώτατα στελέχη των τραπεζών-μελών. Ο Πρόεδρος, ο οποίος προεδρεύει του σώματος, εκλέγεται από τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου του Συνδέσμου , όπως και ο Αντιπρόεδρος. Η θητεία του Προέδρου και του Αντιπροέδρου διαρκεί δύο χρόνια.
Ο Γενικός Διευθυντής, ο οποίος διορίζεται από το Διοικητικό Συμβούλιο, κάνει συστάσεις και εκτελεί τις αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου και διαχειρίζεται τις καθημερινές διοικητικές δραστηριότητες του Συνδέσμου. Ο Σύνδεσμος υποστηρίζεται από μια ομάδα ανώτερων επαγγελματιών και τη γραμματεία.
Μόνιμες Διατραπεζικές Συμβουλευτικές Επιτροπές και ad-hoc Ομάδες Εργασίας συνέρχονται συχνά, αναλύουν ένα ευρύ φάσμα θεμάτων και ενεργούν ως συμβουλευτικά όργανα του Διοικητικού Συμβουλίου. Παρακολουθούν και αναλύουν εγχώριους και ευρωπαϊκούς κανονισμούς, οδηγίες και τεχνικές κατευθυντήριες γραμμές της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, λαμβάνουν συλλογικές αποφάσεις και υποβάλουν συστάσεις προς τον Γενικό Διευθυντή του Συνδέσμου. Εάν κριθεί απαραίτητο, ο Γενικός Διευθυντής υποβάλλει εισηγήσεις και συστάσεις προς το Διοικητικό Συμβούλιο. Σύμφωνα με τις εκάστοτε αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου, οι θέσεις των μελών υλοποιούνται ή/και διαβιβάζονται στα αρμόδια κυβερνητικά όργανα, τη Κεντρική Τράπεζα της Κύπρου και άλλους φορείς.
Οι Μόνιμες Διατραπεζικές Συμβουλευτικές Επιτροπές είναι οι ακόλουθες:
- Επιτροπή Νομικών
- Επιτροπή Ρύθμισης και Εποπτείας Τραπεζών
- Επιτροπή Καταπολέμησης Ξεπλύματος Παράνομου Χρήματος και Κανονιστικής Συμμόρφωσης
- Επιτροπή θεμάτων Κεφαλαιαγοράς και Χρηματιστηρίου
- Επιτροπή Λιανικής και Καταναλωτικής Πίστης
- Επιτροπή Λογιστικών και Φορολογικών Θεμάτων
- Επιτροπή Τραπεζικών Θεμάτων και Πρακτικής
- Επιτροπή Εσωτερικού Ελέγχου
- Επιτροπή Πληρωμών – SEPA
- Επιτροπή Θεμάτων Ανθρώπινου Δυναμικού και Εκπαίδευσης



