Ο Σύνδεσμος διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο αποτελείται από ανώτατα στελέχη των τραπεζών-μελών. Ο Πρόεδρος, ο οποίος προεδρεύει του σώματος, διορίζεται εκ περιτροπής μεταξύ των τεσσάρων τραπεζών-μελών που διαθέτουν τον μεγαλύτερο αριθμό προσωπικού με βάση καταρτισμένο κατάλογο, ο οποίος αναθεωρείται ανά τέσσερα έτη. Διορίζονται επίσης τρεις Αντιπρόεδροι. Η θητεία του Προέδρου και των Αντιπροέδρων διαρκεί για ένα χρόνο. Η Ετήσια Γενική Συνέλευση λαμβάνει χώρα μία φορά το χρόνο.
Το 2015 συστάθηκε η Εκτελεστική Επιτροπή, η οποία αποτελείται από τον Πρόεδρο, τους τρεις Αντιπροέδρους και τον Γενικό Διευθυντή. Η Εκτελεστική Επιτροπή αποφασίζει για επείγοντα θέματα που χρήζουν άμεσης αντιμετώπισης. Τα μέλη της Εκτελεστικής Επιτροπής συμμετέχουν σε κυβερνητικές συσκέψεις και ενεργούν με σκοπό την εφαρμογή των στρατηγικών αποφάσεων του Διοικητικού Συμβουλίου. Ο Γενικός Διευθυντής είναι μέλος της Εκτελεστικής Επιτροπής χωρίς δικαίωμα ψήφου.
Ο Γενικός Διευθυντής, ο οποίος διορίζεται από το Διοικητικό Συμβούλιο, κάνει συστάσεις και εκτελεί τις αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου και διαχειρίζεται τις καθημερινές διοικητικές δραστηριότητες του Συνδέσμου. Ο Σύνδεσμος υποστηρίζεται από μια ομάδα ανώτερων επαγγελματιών και τη γραμματεία.
Μόνιμες Διατραπεζικές Συμβουλευτικές Επιτροπές και ad-hoc Ομάδες Εργασίας συνέρχονται συχνά, αναλύουν ένα ευρύ φάσμα θεμάτων και ενεργούν ως συμβουλευτικά όργανα του Διοικητικού Συμβουλίου. Παρακολουθούν και αναλύουν εγχώριους και ευρωπαϊκούς κανονισμούς, οδηγίες και τεχνικές κατευθυντήριες γραμμές της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, λαμβάνουν συλλογικές αποφάσεις και υποβάλουν συστάσεις προς τον Γενικό Διευθυντή του Συνδέσμου. Εάν κριθεί απαραίτητο, ο Γενικός Διευθυντής υποβάλλει εισηγήσεις και συστάσεις προς το Διοικητικό Συμβούλιο. Σύμφωνα με τις εκάστοτε αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου, οι θέσεις των μελών υλοποιούνται ή/και διαβιβάζονται στα αρμόδια κυβερνητικά όργανα, τη Κεντρική Τράπεζα της Κύπρου και άλλους φορείς.
Οι Μόνιμες Διατραπεζικές Συμβουλευτικές Επιτροπές είναι οι ακόλουθες:
- Επιτροπή Νομικών
- Επιτροπή Ρύθμισης και Εποπτείας Τραπεζών
- Επιτροπή Καταπολέμησης Ξεπλύματος Παράνομου Χρήματος και Κανονιστικής Συμμόρφωσης
- Επιτροπή θεμάτων Κεφαλαιαγοράς και Χρηματιστηρίου
- Επιτροπή Λιανικής και Καταναλωτικής Πίστης
- Επιτροπή Λογιστικών και Φορολογικών Θεμάτων
- Επιτροπή Τραπεζικών Θεμάτων και Πρακτικής
- Επιτροπή Εσωτερικού Ελέγχου
- Επιτροπή Πληρωμών – SEPA
- Επιτροπή Θεμάτων Ανθρώπινου Δυναμικού και Εκπαίδευσης